平成12年、拝殿北側地下の発掘飼査により、4世紀代に祭祀に用いられた勾玉などが検出されて、この地では少なくともその項からオマツリが行われていたことを明らかにし、古えより悠久に祈り継がれる歴世の建物跡が検出されました。
ことに注目されるのは、伝え継がれてきた巨大な神殿を造っていた御柱の検出です。神殿の御社は「田」の字状の交点、正方形の周囲に8ヵ所と中央1ヵ所に配置きれますが、発掘区内に相当する3ヵ所すべてで検出されました。もっとも重要な中央の心御社（岩根御社）、南正面の宇豆柱（棟持柱）、南東隅の脇柱で、いずれも3本の杉の巨木を束ねて1本として立てられ、大量の根固め、裏込めの石によってつき固められていました。
また、いずれの柱材も表面に赤色の顔料（ベンガラ）がわずかに付着しており、御社は赤く塗られていたことが明らかになりました。このほか、御社の周囲からは祭祀用の土器が検出され、そして大屋根の棟を支えます宇豆柱の直下と前には当時の大工道具としてもっとも大切な手斧が埋納されていました。大工さんが神殿の平安を祈って納めたものと思われます。

地面から屋根の棟に乗る千木(ちぎ)の上端までの高さが八丈＝24.2メートルの出雲大社は、わが国の神社建築の中では最も大きいが、社伝では、中古において現社殿の倍の十六丈＝48.4メートル、さらに上古においては四倍の三十二丈＝96.8メートルの高さがあったという。古代の高層社殿はどのような姿だったのだろう。
10世紀末に記された『口遊』（源為憲「大屋ヲ踊スルナリ」として「雲太、和二、京三」とある。「雲太」は出雲大社、「和二」は東大寺大仏殿、「京三」は京都御所の大極殿のことであるが、当時の出雲大社が、高さ十五丈（45メートル）の東大寺大仏殿よりも大きかったことを伝えるものである。また、平安時代後期、出雲大社を見た寂蓮法師は「天雲にたなびく山の半ばまで片削ぎ（千木の先端）の見えけるなん、この世の事とも覚えざりける」と、その大変な高さに驚いている。これも古代の出雲大社が桁外れに大きな建物であったことを伝える叙述である。
この他には、古代における社殿の高さを具体的に記す史料は見ないが、出雲大社がかなり大規模であったことは間違いない。半世紀も前に、建築史家の福山敏男博士が社伝や社家に伝わる史料『金輪造営図』にもとづいて十六丈の社殿を復元している。
また大林組は、この古代出雲大社の高層神殿が構造学的にも技術的にも可能であることを理論的に裏付け、「草創期の出雲大社は、濃い緑の八雲山を背に、波の寄せくる海をすぐ前にのぞみ、白砂の上に高く壮大な柱の列を見せて聳え立っていたであろう」（『古代出雲大社の復元』学生社）とし、その姿をコンピュータグラフィックスで表わしているし、平成９年(1997)に開かれた古代出雲文化展では、その模型が製作され、古代社殿の姿は、多くの人が知るところとなっている。　
…文.和田嘉宥

平安期の本殿の指図(設計図)の1つという。本殿は四丈(約12m)四方、9本の柱はすべて３本の柱材を鉄の輪でくくり1本の柱としているが、細いものでも直径一丈(約３m)ある。また、社殿の前に付いている引橋(階段)は長さ一町(約109m)とある。（千家家蔵）

『口遊』は平安時代の貴族の子弟のための教科書。当時の高層建築ベスト3が「雲太　和二　京三」と記されている。出雲大社が1位、東大寺大仏殿が2位、平安京大極殿が3位で、出雲大社は高さ十五丈（45m）の東大寺大仏殿より高かったことになる。（愛知県大須観音宝生院蔵）